コズミック・イラ（C.E.）70年に「血のバレンタイン」の悲劇によって引き起こされた、ナチュラルを代表する地球連合軍（O.M.N.I.Enforcer） とコーディネイターを代表するザフト軍（Z.A.F.T.） による戦争を舞台に、苦しみや悲しみを経験しながら戦う姿を描いていく。
この作品中で言われる「ナチュラル」とは、コーディネイターに対して遺伝子操作をしていない極普通の人間という意味であり、コーディネイターとは遺伝子操作により優れた頭脳・肉体を持たされて生まれてきた人間のことである。この頭脳・肉体の違いによって社会競争上不利を強いられかねないナチュラルはコーディネイターを脅威視せざるを得ず、次第に両者の軋轢は強まっていく。
やがてコーディネイターのみからなるスペースコロニー国家「プラント」は、ナチュラルの国家群からなる国際機関「地球連合」に対し独立を宣言、戦争が始まる。
作品解説[]
本作は『無限のリヴァイアス』を手がけたサンライズ第9スタジオが母体となり､21世紀初のガンダムのTVシリーズとして制作された。監督は福田己津央。「新しい世代に向けた、新たなスタンダードとなりうるガンダム」「新世紀（21世紀）のファーストガンダム」を目指して制作された。
基本ストーリーは『機動戦士ガンダム』を意識したものながら、複数のガンダムの登場、美少年キャラクターによるメロドラマ的なテイスト等もふんだんに取り入れ制作された。このことは、これまで宇宙世紀を舞台とするガンダムシリーズのみで使われていた「機動戦士」のタイトルが配されていることからも伺える。「SEED」とは劇中に登場するパイロットの特殊な能力を示したもので現在まで製作されているガンダムシリーズのTVシリーズ作品としては、唯一主役機体名にタイトルが反映されていない。
なお、ファンの間では、SEED の日本語訳が種であることから「種（たね）」「種ガン（たねガン）」などという俗称で呼ばれている。
作品のテーマ[]
福田監督が公式HPのインタビューにおいて2004年9月25日付で語るところによれば、『ガンダムSEED』シリーズ第1作は、「キラとアスランを主人公に据えて『非戦』というテーマを描いた」とのことである。
また同年12月10日、同インタビューで、2作目『ガンダムSEED DESTINY』についてエグゼクティブプロデューサー 竹田菁滋もまたやはり「前作から引き続き非戦ということを訴え続けるつもりである」と述べている。加えて竹田プロデューサーは、「再選を果たしたアメリカ ブッシュ大統領がファルージャでの掃討作戦を展開し、ますます混迷を深めるイラク情勢」についても述べ、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』を観ることで「視聴者が世界情勢を少しでも自分の身にひきつけて考えてもらえるようになれば」とも語っている。
他作品を参考にした設定や名称[]
プラントの行政府である最高評議会と言う名前や、閣僚を委員長、省庁を委員会と呼称する事、さらには、共和制国家でありながら、ついには、一個人を中心とした全体主義国家に変貌したという設定は、銀河英雄伝説における自由惑星同盟の設定をモチーフとしている。テンプレート:要出典これが、偶然の一致でないことは、『ガンダムSEED DESTINY』でも、同様の事が行われていることが傍証となる（もっとも自由惑星同盟も含め全ての大本である元ネタを辿れば、これらはソビエト連邦に由来するものであるといえる）
アークエンジェル級の兵装 ローエングリン、ゴットフリートの名称は、共にリヒャルト・ワーグナーの歌劇『ローエングリン』に由来する。
また、劇中に登場する地球連合三大構成国の大西洋連邦、ユーラシア連邦、東アジア共和国の領土は、ジョージ・オーウェルの小説『1984年』に登場するオセアニア（南北アメリカ大陸とイギリス）、ユーラシア（ヨーロッパ大陸諸国及び旧ソ連）、イースタシア（中国、朝鮮半島、日本）の三大全体主義国家とほぼ同じ[1]である。この、地球上にそれぞれアメリカ、アジア、ヨーロッパを中心とする三大勢力が存在するという設定は、以降の『コードギアス 反逆のルルーシュ』や『機動戦士ガンダム00』とも共通する（いずれも、三者のみならずその他の国や被征服国、独立組織などが存在する）が、多少なりとも地政学の知識のある者においては常識の範囲であり、過去のフィクションとの共通点を取沙汰するのは野暮である。
TVシリーズ PHASE-24のサブタイトル「二人だけの戦争」は、1996年に作られた宇宙世紀シリーズのOVA『機動戦士ガンダム 第08MS小隊』の第1話でも使用されており、「敵味方に分かれている男女（シロー・アマダとアイナ・サハリン、アスラン・ザラとカガリ・ユラ・アスハ）が危機的状況で出会い、互いに協力して危機を乗り越え恋仲となる」というあらすじも似通っている。
地球連合軍最高司令部JOSH-A攻略作戦「オペレーション・スピットブレイク」で侵攻してきたザフト軍を防衛部隊もろともサイクロプスを作動させてJOSH-A攻略部隊の8割を殲滅した地球連合軍の作戦は、『機動戦士Zガンダム』におけるエゥーゴのジャブロー攻略作戦に対するティターンズの作戦にあらすじが類似している。
Zガンダムでは、核爆弾の存在と起動を知っていた連邦軍人が命惜しさに核爆弾の存在と起爆装置の作動をエゥーゴにしゃべったうえ、起爆装置が時限式であった（サイクロプスはリモコン式起動装置）ことから戦況に応じたタイミングで臨機応変に核爆弾を爆発させられなかったためにエゥーゴは間一髪で脱出、殲滅に失敗した。
- ↑ オセアニア≒大西洋連邦、ユーラシア≒ユーラシア連邦、イースタシア≒東アジア共和国